โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสซาเวียร์คอนแวนต์ ตั้งอยู่เลขที่ 92 ซอยมิตตคาม ถนนสามเสน ขณะนั้นสงครามมหาเอเชียบูรพาได้ลุกลามมาถึงประเทศไทย หม่อมเจ้านักขัตรมงคลกิติยากร ได้ตัดสินพระทัยย้าย หม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ กิติยากร และหม่อมราชวงศ์หญิงบุษบา กิติยากร จากโรงเรียนราชินี มาเรียนที่โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสซาเวียร์คอนแวนต์ ซึ่งอยู่ใกล้บ้าน ทั้งนี้เพื่อความปลอดภัย

หม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ กิติยากร ได้รับหมายเลขประจำตัว 371 เข้าเรียนในโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสซาเวียร์คอนแวนต์ ตั้งแต่ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 2 ถึงมัธยมศึกษาปีที่ 3 ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1940 – 1946

หม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ กิติยากร เป็นเด็กกล้า มีบุคลิกคล่องแคล่ว พูดจาฉะฉาน เชื่อมั่นในตนเอง มีกิริยามารยาทเรียบร้อย ทั้งการพูดจา การเข้าหาครูบาอาจารย์ ไม่มีกระโดกกระเดก เพราะได้รับการอบรมมาแบบเจ้านายจริง ๆ นอกจากนี้ยังมีน้ำใจเอื้อเฟื้อต่อเพื่อน ๆ ที่ไม่เข้าใจในวิชาเรียนต่าง ๆ ด้วยการอธิบายบทเรียนนั้น ๆ ให้ฟังอย่างง่าย ๆ ด้วยความเต็มใจ ผลการเรียนของหม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ได้ถูกเขียนบันทึกไว้ว่า

“ผลการเรียนอยู่ในระดับดี กริยามารยาทเรียบร้อยดีมาก และเวลาที่ครูสอน ต้องเขียนบนกระดานดำ หม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ เป็นนักเรียนเพียงคนเดียวที่เป็นผู้หาน้ำมาให้คุณครูล้างมือ”

 

ความสามารถพิเศษอย่างยิ่ง คือด้านดนตรี เซอร์เรอเน และเซอร์ฟรังซิสกา ซึ่งเป็นครูถวายการสอนได้ชมว่า หม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ กิติยากร มีวิญญาณศิลปินติดตัวมาแต่กำเนิด สามารถอ่านโน้ต และร้องเพลงได้ถูกต้องตามจังหวะ อย่างน่าอัศจรรย์ใจทั้งยังเล่นเปียโนได้อย่างไพเราะเพราะพริ้ง ยิ่งกว่าเด็กทุกคนในวัยเดียวกัน ด้วยเหตุนี้หม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ จึงเป็นเด็กที่มีความน่ารักน่าเอ็นดู ของเซอร์ผู้ฝึกสอนอย่างยิ่ง ทั้งยังเป็นที่ร่ำลือกันในโรงเรียนอีกด้วย

การเล่าเรียนในโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสซาเวียร์คอนแวนต์ ตลอดระยะเวลา 6 ปี เซอร์เรอเน และเซอร์ฟรังซิสกา ได้สอนวิชาดนตรีอย่างใกล้ชิด แม้ความสามารถจะไม่ถึงขั้นนักดนตรีเอกของโลก แต่ฝีมือก็ถือเป็นเลิศยิ่งนัก สำหรับเด็กหญิงที่มีอายุเพียง 13 ปี จะสามารถกระทำได้
ปี ค.ศ. 1946 อันเป็นปีสุดท้ายที่หม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ กิติยากรศึกษาในชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 มีเรื่องเล่ากันว่า ก่อนที่จะต้องเดินทางไปศึกษาต่อที่ประเทศอังกฤษนั้น หม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ ได้เล่าให้เพื่อนร่วมชั้นฟังอย่างสนุกสนานละคนไม่เชื่อว่า วันหนึ่งมีหมอดูเดินเข้าไปในวังเทเวศร์ และพยากรณ์ดวงชะตาของท่านว่า ในอนาคตจะได้เป็นที่เชิดหน้าชูตาวงศ์ตระกูล และวันหนึ่งจะได้มีบุญหนักศักดิ์ใหญ่เป็นถึง “พระราชินี”

 

 

บรรดาเพื่อน ๆ นักเรียนที่สนิทชิดชอบ ที่ห้อมล้อมฟังอยู่ ต่างพากันชอบอกชอบใจบางคนก็เชื่อ บางคนก็ไม่เชื่อ โดยเห็นว่าเป็นเรื่องหมอดูคู่กับหมอเดา อย่างไรก็ตามเพื่อน ๆ ต่างพากันสถาปนา ด้วยความเป็นเด็ก โดยขนานนามท่านว่า “ราชินีสิริกิติ์”

ใน ค.ศ. 1949 เมื่อมีข่าวพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ทรงประกาศหมั้นหม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ กิติยากร ครูที่เคยได้ฟังนักเรียนพูดถึงเรื่อง “ราชินีสิริกิติ์” ถึงกับตกตะลึง และรำลึกถึงความหลังในครั้งนั้น ได้พูดกับนักเรียนที่เป็นเพื่อนร่วมชั้นของหม่อมราชวงศ์หญิงสิริกิติ์ว่า “เห็นไหมล่ะที่พวกเธอพูดกันเล่น ๆ อย่างคะนองปาก และสนุกสนานนั้น บัดนี้ได้กลายเป็นความจริงขึ้นมาแล้ว”